水イボは軟属腫ウイルスが皮膚に感染して生じます。
強いウイルスではないため，からだ（免疫システム）が無頓着に野放しにしてしまうのですが，時期が来ればその気になって治しにかかり，自然治癒します。発生から平均6.5か月（1〜19か月）で自然治癒すると報告されていますが，私にはもう少し長引く印象があり，「10か月程度で治ることが多い」とお話ししています。
有効な薬剤がないため，通常はピンセットでつまんで除去します。この方法には痛みを伴うため，硝酸銀を使った治療も報告されていますが，あまり治らないと聞いているため，私は試したことがありません‥。
① ピンセットでつまんで除去する場合
麻酔テープを貼ったのちに除去する場合（麻酔テープをお渡しして，再診時に2時間前に貼ってきて頂きます）と，初診時に麻酔なしで除去する場合があります。ご本人，ご家族のご希望に応じます。
しかし，１回だけの除去で治りきる（再発しない）ことはまれです。もともとの個数にもよりますが，5〜10個の再発があれば再びつまみ取ります。たいていは，2〜3回つまみ取るうちに再発が少なくなり，1年以内には治ります。
② 除去しないで，経過観察に徹する場合
水イボができるお子さまでは，たいてい乾燥肌を伴っています。乾燥肌では皮膚表面のすきまがあるため，軟属腫ウイルスが別の場所に入り込みやすくなります。そのため，保湿剤を使用していただいて，水イボ周囲の皮膚を整えつつ，治るまで経過をみせていただいます。
また，水イボ周囲に湿疹（肌荒れ）を伴うこともあります。この場合は，かゆみのために引っ掻いてしまって，水イボをばらまく恐れがあります。ステロイド外用薬にて水イボ周囲の湿疹（肌荒れ）は鎮めてもらっています。ステロイド外用薬は皮膚の免疫力を低下させ，水イボを増やすという考え方もあります。しかし，やや強めのステロイド外用薬を短期間（2日程度）で使用しても水イボはほぼ増加しません。さらに，引っ掻いて水イボをばらまくことが防げるので，ステロイド外用薬をうまく使用することが大切と考えています。